Eduard Weyr se narodil 21. 6. 1852 v Praze v rodině učitele matematiky a fyziky. Jeho otec v něm vzbudil lásku k matematice.
Studoval matematiku na technice v Praze, po jejím rozdělení pak na české části a poté i na pražské universitě v Praze. Roku 1872 získal díky svému mimořádnému matematickému nadání stipendium na universitě v Göttingenu, kde v roce 1873 získal titul doktora filosofie. Potom studoval také v Paříži a v Berlíně. Po návratu v roce 1874 se habilitoval na české polytechnice a byl jmenován soukromým docentem matematiky. Od roku 1875 byl asistentem na katedře deskriptivní geometrie německé polytechniky, od roku 1876 získal místo honorovaného docenta na české polytechnice.
Eduard Weyer se stal uznávaným matematikem ve světě a dostal řadu nabídek od různých univerzit které však odmítl, například v Záhřebu, Innsbrucku, Černivcích, ve Vídni.

Jeho bratři Emil a Bedřich byli rovněž matematikové a Eduard často pracoval s Emilem. Věnovali se spolu také organizační činnosti v Jednotě českých matematiků a fyziků.
V letech 1881 - 1901 byl profesorem matematiky na technice v Praze, roku 1902 se stal profesorem na universitě. Vydal mnoho významných vysokoškolských učebnic matematiky, například Základové vyšší geometrie (několik dílů), Über algebraische Raumcurven, O theorii ploch, Počet differenciálný.

Za svůj neobyčejný přínos matematice byl vyznamenán mnoha poctami. V roce 1891 se stal řádným členem české Akademie, roku 1892 členem Královské české společnosti nauk, čestným členem Jednoty českých matematiků a fyziků, dopisujícím členem francouzské Société des sciences physiques et naturelles de Bordeaux, dopisujícím členem Jihoslovanské akademie věd a umění v Záhřebu, řádným členem matematické společnosti v Moskvě. Roku 1894 obdržel titul dvorního rady. Dvakrát byl rektorem na české technice.

Eduard Weyr zemřel 23. 7. 1903 v Záboři u Labské Týnice.