Vladimír Wagner se narodil v roce 1911. Vystudoval lékařskou fakultu Univerzity Karlovy. V roce 1939 nastoupil v do Bakteriologického a sérologického ústavu fakulty, kde se setkal s významnými vědci. Mnoho pracovníků ústavu včetně Vladimíra Wagnera se zapojilo do protinacistického odboje.

V roce 1946 se habilitoval z oboru mikrobiologie a spolu s Ivanem Málkem vydali učebnici mikrobiologie pro ošetřovatelky. Potom odešel do Plzně, kde pomáhal budovat Ústav mikrobiologie a imunologie na tamější LF UK. V té době se věnoval autoimunitním reakcím v lidském těle.
V roce 1954 přešel jako primář na Bakteriologické a sérologické oddělení Nemocnice Na Bulovce do Prahy. Obhájil kandidátskou práci věnovanou revmatologické imunologii a vydal knihu o základech imunologie.
Poté pracoval v Krajské hygienicko-epidemiologické stanici Středočeského kraje, kde zaváděl některé nové diagnostické metody. Roku 1967 se stal imunologem v Ústavu pro matku a dítě. Zde se věnoval především radioimunologické diagnostice a imunoglobulinům. Později přijal nabídku práce v Otolaryngologické laboratoři ČSAV, kde se zabýval problémům nádorové imunity a vlivu ionizačního záření. V roce 1993 byl jmenován profesorem mikrobiologie a imunologie.

Vladimír Wagner zemřel v roce 2008.