Jan Smetana se narodil v roce 1883 ve Svobodných Dvorech u Hradce Králové. Studoval na technice v Praze, studia dokončil v roce 1908 a v roce 1911 se stal doktorem technických věd na základě habilitační práce Studie pohyblivých jezů. Svoje vzdělání prohloubil i studijními pobyty v Německu a ve Francii.

Stal se praktikantem v Komisi pro úpravu řek pražského místodržitelství a později pracovníkem hydrologického oddělení. V roce 1919 pomáhal se založením celostátního ústavu, kam ho povolalo ministerstvo veřejných prací a v roce 1920 se zde stal zástupem přednosty, přednostou pak v roce 1928. Zřídil rovněž Výzkumný ústav hydrotechnický. V roce 1930 byly podle jeho projektu dobudovány spojené Státní ústavy hydrologický a hydrotechnický T. G. Masaryka v Podbabě.

Později byl jmenován řádným profesorem hydrauliky, hydrologie a úprav vodních toků na ČVUT v Praze. Byl rovněž děkanem vysoké školy inženýrského stavitelství ČVUT.
Jan Smetana byl členem vládní komise pro založení Československé akademie věd. Sám se ale stal akademikem až v roce 1953. V ČSAV vedl Ústav pro vodní hospodářství, byl předsedou technické sekce a členem prezídia ČSAV.

Za svou celoživotní práci obdržel řadu uznání - byl členem Československé národní rady badatelské, Masarykovy akademie práce, České akademie věd a umění, Association Internationale d'Hydrologie, místopředsedou i předsedou Union Internationale de Géodesie et Géophysique.

Profesor Jan Smetana zemřel v roce 1962.