Otto Seydl se narodil 5. května 1884 v Merklíně v okrese Plzeň-jih. Studoval stavební inženýrství v Praze, brzy ale přešel na studium přírodních věd na filozofické fakultě Univerzity Karlovy.
Zajímal se o astronomii. Po skončení studia učil 12 let na obchodní akademii v Českých Budějovicích.
V roce 1921 začal pracovat v pražské hvězdárně, kde se zabýval správou odborné knihovny a administrativou. Také prováděl meteorologická a magnetická měření.
V roce 1924 obhájil Otto Seydl práci "Rozdělení stálic velikosti 6.5 a jasnějších katalogu Revised Harvard Photometry v soustavě souřadnic galaktických".

Práce v archivu Státní hvězdárny ho přivedla k dějinám astronomie, kterým se věnoval do konce života. Zejména se zajímal o dějiny observatoře v Klementinu.
Za své zásluhy byl v roce 1937 zvolen mimořádným členem Královské české společnosti nauk.

V roce 1939 byl jmenován správcem Státní hvězdárny. Přišla však německá okupace, hvězdárna se musela přestěhovat z Klementina do činžovního domu na Vinohradech. V roce 1942 byl Seydl odvolán z funkce a v listopadu toho roku byla ondřejovská observatoř převedena pod německou univerzitu. V roce 1945 byl opět jmenován správcem a ředitelem.
Byl také členem několika zahraničních společností pro astronomii a dějiny vědy.

Otto Seydl zemřel 15. 2. 1959.