Karel Bořivoj Presl se narodil 17. 2. 1794 v Praze. Je bratrem pravděpodobně známějšího Jana Svatopluka Presla.
Po absolvování lékařské fakulty odjel na roku 1917 do Itálie, kde se věnoval botanice. Po návratu v roce 1822 byl kustodem zoologických a botanických sbírek Vlasteneckého muzea v Praze (dnešního Národního muzea).

Na rozdíl od svého bratra neobsáhl svou vědeckou činností tolik disciplín, ale zato se intenzivně věnoval botanice. Mezi jeho významná díla patří především dílo o systému botanického názvosloví Reliquiae Haenkeanae s popisy a obrazy nových druhů rostlin, které posílal muzeu T. Haenke z Jižní Ameriky. K. B. Presl byl pověřen zpracováním celého herbáře vedle jiných českých i zahraničních botaniků a zpracoval největší část.
Jeho herbář obsahoval více než 28 tisíc položek rostlin, z toho 900 ze sběrů Haenkeho a 500 ze sběrů Hugha Cuminga. Mimo jiné také obsahoval 410 položek z čeledi Euphorbiaceae. Herbář od vdovy Frederiky Preslové zakoupila pražská universita.

V roce 1831 v době cholerové epidemie se Karel Bedřich Presl krátkou dobu věnoval lékařskému povolání. V roce 1832 byl jmenován profesorem všeobecného přírodopisu na pražské univerzitě. Stanovil názvy mnoha nových rostlin. Této práci se věnoval společně se svým bratrem.
Karel Bořivoj Presl zemřel 2. 10. 1852 v Praze.