Johann Baptist Emanuel Pohl se narodil 22. 2. 1782 v České Kamenici. Jeho strýc se velice zajímal o botaniku a přenesl na něj zájem o rostliny. Studoval v gymnáziu v Praze a potom na univerzitě v Praze. V roce 1808 dokončil studium medicíny.

Sloužil ve vojenské nemocnici v Náchodě, potom v nemocnici v Praze, v letech 1811 – 1817 vyučoval botaniku u hraběte Josepha Emmanuela Malabayla von Canal, který vlastnil nesmírně cennou zahradu.

Pohl se brzy stal uznávaným botanikem a byl pozván rakouskou vědeckou komisí k vědecké expedici do Brazílie. Výpravu organizoval tehdejší rakouský kancléř kníže Clemens Wenzel Lothar Metternich-Winneburg. Výprava vyrazila v roce 1817 z livornského přístavu, 7. 11. dorazila do Rio de Janeira. Někteří členové výpravy se vrátili zpět do Evropy už v následujícím roce. Pohl zůstal v Jižní Americe skoro 4 roky a procestoval okolí Rio de Janeira a státy Minas Gerais, Goias, Bahia. Jeho sbírka rostlin obsahovala asi 4 000 druhů.

Do Vídně se vrátil v roce 1821 jako světově uznávaný vědec a botanik. Stal se rovněž kurátorem vídeňského přírodovědného muzea.

Je autorem mnoha vědeckých knih o botanice. Po návratu z Brazílie napsal mnoho článků o tamním rostlinstvu. Popsal také řadu rostlin a některé z nich nesou jeho jméno.

Johann Baptist Emanuel Pohl zemřel 22. 5. 1834 ve Vídni.