Jan Perner se narodil 7. 9. 1815 v Bratčici na Čáslavsku v rodině mlynáře. V roce 1822 začal studovat elementární školu v Potěhách. Zdejší kaplan rozpoznal jeho mimořádné nadání a snažil se ho připravit k dalšímu studiu. Od roku 1827 pokračoval ve studiu ve škole v Praze. Zde chlapce zaujaly úspěchy mechanika Josefa Božka i anglického vynálezce Stephensona. Otec však přece jen chtěl, aby po něm převzal řemeslo. Z mlýna tedy odešel, v roce 1830 složil přijímací zkoušku na pražském technickém učilišti a byl přijat. Na studia si vydělával doučováním. V roce 1833 školu ukončil s výborným prospěchem.

Zprvu začal pracovat jako inženýr v Jičíně na stavbě silnic a hospodářských budov, přičemž ale stále toužil věnovat se nějakému velkému technickému projektu. Zejména ho zajímaly stavby železných drah. Brzy požádal svého učitele Gerstnera, aby ho přijal na stavbu železnic v Rusku, kam také po dvouměsíční studijní cestě po německých, belgických a anglických drahách roku 1836 odjel. Pro neshody s Gerstnerem se ale vrátil domů. V letech 1837 -1839 byl pak zaměstnán na stavbě trati z Břeclavi do Brna, později projektoval práce na úseku z Ostravy do Osvětimi.

Jan Perner velice proslul při vyhledávání nejlepší trasy olomoucko-pražské dráhy. Jeho dalším úspěchem je umístění nádraží Praha střed, které se projevilo jako optimální.
Byl považován za jednoho z nejlepších železničních projektantů. Dne 16. 3. 1842 byl na základě návrhu generálního ředitele přijat do služeb státních drah jako vrchní inženýr. Z titulu této funkce byl pověřen posoudit návrh trasy Praha - Drážďany a byl zmocněn jednáním v této záležitosti se saskou vládou. Na základě jeho studií a doporučení pak císař František Josef rozhodl, že trasa povede údolím Labe. Jednalo se o jeden z největších úkolů, který mu byl svěřen ve prospěch státních drah. Zároveň na stavbu trati pohlížel i z hlediska ochrany přírodních, historických a kulturních památek.
Od roku 1842 pracoval rovněž na úseku z České Třebové do Pardubic.

Ing. Jan Perner věnoval celý život železnici a na železnici také zemřel. Při jedné jízdě do Pardubic po výjezdu vlaku z choceňského tunelu stál na schůdcích vagónu. Když se otočil směrem zpět k tunelu, narazil hlavou na sloup vrat u vjezdu do nádraží. Druhého dne, 10. 9. 1845, tedy v pouhých 30 letech, tento skvělý technik a projektant následkům těžkého zranění podlehl.