Jan Otto se narodil 8. 11. 1841 v Přibyslavi. Kvůli neutěšeným finančním poměrům rodiny nemohl studovat a proto nejdříve dělal pomocníka v lékárně a pak se učil obchodním příručím u hokynáře. Tato těžká práce na něm však zanechala trvalé následky. V roce 1861 se vyučil tiskařem a začal pracovat v Lochnerově zasilatelství tiskovin.

Po přímluvě Jindřicha Fügnera (spoluzakladatele tělovýchovné jednoty Sokol) nastoupil roku 1862 jako účetní do tiskárny a nakladatelství Eduarda Grégra, kde řídil edici Matice lidu. Brzy získal funkci pokladníka a disponenta, roku 1869 se stal společníkem firmy. Později se oženil s dcerou tiskaře Miladou Pospíšilovou a roku 1871 převzal tiskárnu svého tchána na Václavském náměstí. Roku 1879 byla firma přestěhována do Jungmannovy ulice, roku 1883 na Karlovo náměstí. Zde Otto provozoval rovněž vlastní knihkupectví.
V roce 1899 byl spoluzakladatelem České grafické unie. V letech 1907 - 1916 byl předsedou správní rady Živnostenské banky, od roku 1912 členem Panské sněmovny.

Vydal velké množství knih českých i zahraničních autorů v mnoha edičních řadách. Vydával například edice Osvěta lidu, Sborník světové poezie, Světová knihovna, Anglická knihovna, Lidové rozpravy lékařské.
Nejvýznamnějším edičním dílem bylo vydání české všeobecné 27dílné encyklopedie Ottův slovník naučný, který vycházel v letech 1888 - 1908. Z dalších encyklopedických děl je třeba zmínit Malý Ottův slovník naučný, Ottův kapesní slovník naučný, Ottův zeměpisný atlas. Vydával také humoristický časopis Paleček, Slovanský sborník, Masarykův časopis Athenaeum, rodinný časopis Zlatá Praha, Sborník zeměpisný.
Byl nositelem různých vyznamenání - například rytíř řádu Františka Josefa a řádu Železné koruny III třídy.

Jan Otto zemřel 29. 5. 1916 v Praze.