František Lexa se narodil 5. 4. 1876 v Pardubicích. Studoval gymnázium v Praze, kde vyučoval Alois Jirásek, a pak na Filozofické fakultě Karlo-Ferdinandovy univerzity.
Vyučoval matematiku a fyziku na střední škole.

Zajímal se ale o filozofii, psychologii a zaujalo ho staroegyptské písmo. Začal studovat starou egyptštinu a přeložil jednu kapitolu Knihy mrtvých. Na základě toho byl doporučen profesorem orientalistiky Rudolfem Dvořákem ke studiu egyptštiny v Berlíně u profesora Adolfa Ermana. Potom studoval démotštinu ve Štrasburku a později vydal i mluvnici démotštiny.

Po návratu do Československa opět vyučoval na gymnáziu a pracoval na habilitační práci O poměru ducha, duše a těla u Egypťanů Staré říše.
V roce 1919 začal bez nároku na odměnu přednášet egyptologii. V roce 1927 se stal mimořádným profesorem. Pozvedl zájem o starý Egypt. Napsal několik publikací z tohoto oboru.
V 50. letech založil egyptologický ústav se sídlem v Praze a v Káhiře a vedl ho až do své smrti. Je právem považován za zakladatele české egyptologie a jako vědec je uznáván po celém světě.
V letech 1934 – 1935 byl rektorem Univerzity Karlovy.

František Lexa zemřel 13. 2. 1960 v Praze.