Karel Kuffner se narodil 5. 12. 1858 v Mirovicích u Písku. Studoval na gymnáziu v Praze, od roku 1878 pak na lékařské fakultě Univerzity Karlovy. Po skončení studia pracoval jako sekundární lékař, od roku 1885 v Zemském ústavu choromyslných. Tam se roku 1890 stal zastupujícím primářem.
V té době také absolvoval stáž v oboru neuropatologie ve Vídni. Zabýval se zejména patofyziologii psychóz. V roce 1891 se habilitoval prací na téma patologická anatomie psychóz.

V roce 1894 byl Kuffner jmenován primářem Zemského ústavu choromyslných a v této funkci setrval až do roku 1897. Roku 1895 se stal suplujícím profesorem psychiatrie a suplujícím přednostou Psychiatrické kliniky české lékařské fakulty v Praze a ve funkci přednosty tam pak pracoval až do roku 1929, kdy odešel do důchodu.

Založil biochemickou, histologickou a likvorologickou laboratoř na Psychiatrické klinice. V roce 1897 byl jmenován mimořádným profesorem a v roce 1900 řádným profesorem psychiatrie a neuropatologie na pražské české univerzitě. V letech 1925 - 1926 byl prorektorem Univerzity Karlovy v Praze.

Karel Kuffner je považován za zakladatele české vědecké psychiatrie a významné psychiatrické školy. Zavedl komplexní vyšetřování nemocných, tělesné i laboratorní.
Věnoval se i publikační činnosti. Největším jeho dílem je dvoudílná Psychiatrie pro studium a praktickou potřebu lékaře, která je první českou učebnicí psychiatrie a je využívána dodnes.

Karel Kuffner zemřel 22. 2. 1940.