Křišťan z Prachatic se narodil v Prachaticích někdy v letech 1360 - 1370, přesné datum není známo. Studoval na Univerzitě Karlově v Praze, v roce 1388 složil bakalářské zkoušky a v roce 1390 zkoušky mistrovské. Na pražské univerzitě setrval až do konce života, několikrát byl zvolen děkanem filozofické fakulty a čtyřikrát rektorem. Od roku 1406 byl farářem a kazatelem u sv. Michala na Starém Městě pražském. Mezi jeho žáky patřil i Jan Hus, za kterého v roce 1415 intervenoval v Kostnici.
Zaujalo ho učení náboženského reformátora Vilefa. Přes protesty teologické fakulty byl zvolen rektorem Univerzity Karlovy.
Po upálení Jana Husa se sblížil s konzervativním křídlem husitství. Přijal dokonce na univerzitu Viklefova stoupence Petra Engliše, uprchlého mistra oxfordské university. Křišťan zastával názor, že za pravdu je třeba bojovat.
V roce 1422 byl s některými ostatními univerzitními mistry uvězněn a vypovězen z Hradce Králové. Na své faře se pak věnoval studiu matematiky. V roce 1427 byl opět uvězněn a poslán do Hradce Králové.

Křišťan z Prachatic byl rovněž významným matematikem, astronomem, lékařem a botanikem. Jeho významným česky psaným dílem jsou Lékařské knihy, které obsahovaly vědomosti o léčení ran a lécích a rovněž herbář a informace z astronomie. Tyto knihy se vydávaly ještě v 16. století. V akademických kruzích byl ale znám zejména jako astronom. Je autorem aritmetického spisu Algorismus prosaycus, který napsal pravděpodobně ve 2. desetiletí 15. století, tedy v době, kdy napsal i své astronomické spisy. Dalším jeho aritmetickým spisem je Computus chirometralis. Jedná se o učební texty pro studenty. Křišťan z Prachatic zemřel 5. 9. 1439.