Jan Eisner se narodil 26. 4. 1885 v Dolním Bradle v okrese Chrudim. Studoval dějepis a zeměpis na Karlo-Ferdinandově univerzitě v Praze. V roce 1908 složil státní zkoušky a v roce 1910 obhájil disertační práci, která byla zaměřena na český pravěk.
Po ukončení studia pracoval jako středoškolský učitel.

Později odjel na Slovensko, kde se kromě pedagogické činnosti věnoval bádání o slovanském pravěku. V roce 1920 byl jmenován státním konzervátorem pravěkých památek na Slovensku. Měl za úkol vykonávat archeologický výzkum a ochraňovat naleziště pravěkých a raně dějinných památek. Byl také referentem a správcem prehistorické sbírky Vlastivědného muzea slovenského a od roku 1937 jednatelem Státního archeologického ústavu pro 12 slovenských okresů. V Bratislavě se roku 1924 habilitoval prací o jihočeské mohylové kultuře, v roce 1929 získal titul mimořádného a v roce 1934 titul řádného profesora prehistorické archeologie na FF Univerzity J. A. Komenského. Přednášel historii a archeologii, v letech 1938 - 1939 byl děkanem. Vybudoval katedru prehistorické archeologie, zřídil knihovnu, organizoval terénní výzkumy a zabezpečení získaného materiálu v muzeích. Věnoval se ochraně bohatých pravěkých nalezišť ve slovenských jeskyních, vedl archeologický průzkum na Děvíně u Bratislavy a v Děvínské Nové Vsi, kde objevil nejbohatší naleziště o slovanském pravěku.
Věnoval se také publikační činnosti, z nichž nejvýznamnější jsou Slovensko v pravěku a Děvínská Nová Ves: Slovanské pohřebiště.

Po nástupu německého fašismu se vrátil do Prahy a až do roku 1958 vyučoval na Filozofické fakultě UK.
Po válce se věnoval studiu jihočeského pravěku a vrátil se k problematice slovanské archeologie. Od roku 1946 byl členem ČAVU, v 50. letech vedl archeologické oddělení Slovanského ústavu. V roce 1952 byl jmenován akademikem. Pokračoval v díle svého učitele L. Niederleho - roku 1953 připravil pro tisk jeho Rukověť slovanských starožitností. Založil a redigoval sborník Vznik a počátky Slovanů, vydal také Rukověť slovanské archeologie: Počátky Slovanů a jejich kultury. Nesmírně se zasloužil o rozvoj naší prehistorie, kterou pozvedl na mezinárodní úroveň.

Jan Eisner zemřel v Praze 2. května 1967.