Josef Charvát se narodil 6. srpna 1897 v Praze. Zde také studoval na lékařské fakultě, promoval v roce 1923. Původně se chtěl věnovat psychiatrii. Od roku 1925 zastával místo asistenta na II. lékařské (interní) klinice. V roce 1928 se habilitoval z patologie a terapie nemocí vnitřních. V roce 1933 byl jmenován mimořádným profesorem. V roce 1939 byl pověřen vedením II. lékařské kliniky a polikliniky. Po příchodu německých fašistů byl ale zatčen a uvězněn.

V květnu 1945 založil III. interní kliniku 1. lékařské fakulty v Praze, v roce 1948 byl jmenován jejím přednostou. Vedl ji až do roku 1970. Poté byl jmenován řádným profesorem, zpětně s účinností od roku 1938. Od roku 1952 byl vedoucím katedry fakultní interny, od roku 1956 do 1981 zastával místo ředitele Laboratoře pro endokrinologii a metabolismus v Praze.

Profesor Josef Charvát se věnoval především internímu lékařství a byl průkopníkem a zakladatelem endokrinologie u nás. V tomto oboru byl naprosto nezpochybnitelným odborníkem. Věnoval se ale i dalším oblastem medicíny, například otázkám výživy. Uvědomoval si vliv emocí na látkovou přeměnu, při studiu štítné žlázy přišel na endemický výskyt strumy a degenerací v naší republice a se svými spolupracovníky vypracoval plán na zlepšení zdravotního stavu obyvatel. Kromě jiného propagoval také lékařskou kybernetiku a genetiku. Profesor Josef Charvát byl zcela mimořádnou osobností české medicíny. Dokázal vyniknout jak vědeckou, tak klinickou prací ve prospěch nemocných a byl uznávanou autoritou i svými názory na zdravotní a sociální problémy společnosti. Byl považován rovněž za vynikajícího organizátora a velmi společenského člověka.

Profesor Josef Charvát zemřel 31. ledna 1984 v Praze.