Bonsai se poprvé objevila v Číně před více než 1000 lety, známá jako pun-sai. Byly pěstovány jako jednotlivé stromy v květináčích. Tyto ranné exempláře měly řídké olistění a zkroucené kmeny, často tvarované jako draci, zvířata nebo ptáci.

Do Japonska se bonsai dostala spolu s mnohými jinými tradicemi spolu s budhismem, který se v období mezi léty cca 1 200 a 1 300 rychle šířil po Asii. Přesné datum může být předmětem diskuse, ale podle japonského svitku, pojednávajícího o tomto období se zdá, že to bylo roku 1195. Když se toto umění dostalo do Japonska, bylo dále zušlechťováno a daleko přesáhlo úroveň, kterou mělo v Číně. Během doby nebyly bonsaje pěstovány jen budhistickými knězi v klášteře, ale později se rozšířily mezi aristokracií, jako symbol prestiže. Během let se změnila i filozofie o bonsai, která se stala symbolem harmonie mezi člověkem, duší a přírodou. V této době ještě byl stromky brány z přírody. V 17. a 18. století dosáhlo u Japonců toto umění svého vrcholu. Hlavním faktorem v udržování bonsaí se stalo odstraňování všeho nepodstatného.

Během doby vznikly různé druhy bonsaí, které v různých variacích přecházely od jednoho k druhému. Jejich tvůrci je postupně představovali v jiném prostředí, jako jsou skály, malé budovy s lidmi (bon-kei) nebo celé krajiny (sai-kei).

Čtrnáctiletý ficus benjamina
(převzato z http://www.coopext.colostate.edu/TRA/PLANTS/bonsai.htm)

Konečně, v polovině 19. století, po více než 230 letech izolace, se Japonsko otevřelo zbytku světa. Ten, díky cestovatelům, brzy poznal miniaturní stromy v keramických květináčích, které napodobovaly staré, dospělé a velké stromy v přírodě. Následné výstavy v Londýně, Vídni a zejména Světová výstava v Paříži v roce 1900 velmi přispěly k vnímání a rozšíření bonsaí. To už ale nebyla původní filozofie o člověku a přírodě, ale o člověku a obchodu, kterou se Japonci velmi brzy naučili a začali bonsaje ve velkém vyvážet do celého světa.