V červenci 1639 v prostoru jihozápadních Čech operovala vojska, jednoho z českých exulantů ve službách švédské armády, Radslava Měsíčka z Vyškova a Slatiny. V 30-leté válce dosáhlo nejvyššího zastoupení občanů českého království v zahraničních jednotkách, 30% mužstva a 50 % důstojnického sboru, protestantské armády. Přes řeku Skalici-Vlčavu v Dobré Vodě u Březnice jeho jednotky postavili most.
Pro neustálé drancování mnoho obyvatel města uteklo do vesniček okolo Třemošné, Kozičína, Lazce,Vorlova, Voseče a Vobecnice, kde si postavili chatky nebo ještě dále do brdských lesů.
Protože při událostech v roce 1639, přišlo město o pečetidlo muselo si pořídit nové, s městským znakem o průměru 32 mm, letopočet byl vyryt na držadle (nyní je součástí primátorského řetězu).
Děkan Tomáš Plakalius (1639-1641) náboženský spisovatel se horlivě věnoval Svaté Hoře, jako jeho předchůdci, z jeho pera nejspíš pochází zpráva o zázračném uzdravení slepce Jana Procházky. Podnítil založení kaple sv. Františka ve vsi Jeruzalémě a zavedl poutě k sv. Ivanu na vrch u Bytízu.

Vysoce urozený pán, pan Woldřich Adam Poppel z Lobkovic a na Bílině, jeho M. C. (milosti císařské) nejvyšší mincmistr v království českém obnovil "ouřad konšelský v městě horním Příbrami, rychtáře městského a obecní starší", listem z 4. září 1642. Byli to:

Primas Augustýn Šturcíř, Šimon Launar, Jindřich Cantorius, Samuel Nimburský, Šimon Hlasivec, Jan Chroust, Jiří Machuta, Jiří Ebrle, Vácslav Šusta, Martin Svoboda, Pavel Rost, Mates Hermon, Jan Pavlíček, Štěpán Hlavsa, Jiří Maršík.

Mnohá z těchto příjmení se v Příbrami dochovala dodnes, což by mohlo být inspirující pro potomky na vypracování rodokmenů. Rathaus-radnice byla tehda na dolní straně, jižní, Rynku, v domě později zvaném "Stará rychta".
V lednu roku 1646 píše purkmistr a rada krajským hejtmanům Adamovi Vratislavovi z Mitrovic na Zduchovicích a Vladislavu Chlumčanskému z Přestavlk na Trhových Dušnikách, že nemajíce již co ztratit rozhodli se, že opustí zpustošené a vydrancované město a žádají o pomoc a ochranu ve svých těžkostech a obtížích. Krajští hejtmané žádají nato českou komoru (vládu),aby z Podbrdského kraje byly jinam přeloženy regimenty Colloredský nebo Palmský.
Císař Ferdinand III. (1637-1657) se svým synem Ferdinandem IV. v roce 1646 s komonstvem navštívil, v doprovodu příbramského děkana Poláka ThDr. Vojtěcha Klimkoviče a místních hodnostářů, kapli na Svaté Hoře se zázračnou mariánskou soškou.

Jezuité, podporovaní císařským dvorem rozšiřovali v zemi svůj vliv zakládáním dalších kolejí (škol) a každá zase rozšiřovala svojí působnost. Dalším strážním stanovištěm na Zlaté stezce po Slivici byla Svatá Hora, se slibně rozvíjející se církevní turistikou. Žádost na Českou komoru o odnětí Svaté Hory od města a přidělení jí březnické jezuitské koleji se stala předmětem sporu, město i děkanát byly proti. Na přímluvu Přibíka Jeníšeka spor rozhodl císař Ferdinand III. listem z 3. srpna 1647 ve prospěch Jezuitů. Dne 24. srpna 1647 předal Přibík Jeníšek, v doprovodu nové okolní šlechty, klíče od kaple Jezuitům z Březnice. Ke kapli ovšem byly vyčleněny pozemky na svazích Svaté Hory, nejdále na východní straně.

Jezuité se ubytovali ve městě, pro potřeby obsluhy svatohorské kaple. Dne 9. března 1648 zakoupil rektor domu profesorů na Malé Straně v Praze páter Martin Santini S. J. společně se zástupci koleje březnické dům, za hřbitovem při cestě vjezdu do hradu, od paní Kateřiny Vamberské z Rohatec, rozené Měděncové z Ratibořic, za 200 zlatých rýnských a zřídili v něm pobočku březnické koleje.
V létech 1645 až 1648 operovala v Čechách švédská armáda pod vedením generála Lenarta Torstensona, nástupce za zemřelého generála Bannera. Ještě v posledním roce války 1648 26. července prošla švédská vojska Příbramí, ovšem tentokrát obyvatelé byli o pohybu armády uvědomeni a většina s majetkem u prchla do brdských lesů za Obecnici. Rovněž děkan s kaplany a sloužícími na faře pobrav zlaté a stříbrné mešní nádobí z obou kostelů i svatohorské kaple včetně zázračné gotické madony odjel z města s ostatními obyvateli. V lese byly konány řádné bohoslužby celebrované děkanem ThDr. Vojtěchem Klimkovičem apoštolským protonotářem a modlitby k mariánské sošce o zachování životů a majtků. Při rabování toho co v městě zbylo došlo k zapálení několika domů. Švédové nikoho nepronásledovali, a přesouvali se na jih k Rakousku.

Ochránění obyvatelé, skrytí v lesích, připsali mariánské sošce vymodlený zázrak, zobrazený na lunetovém obraze v ambitech svatohorské basiliky od Josefa Mathausera. Příbramáci přebývali v lese od července do 21. listopadu 1648. To již věděli, že byl ve Westfálsku 24. října 1648 uzavřen mír, ale v kraji nebylo příliš bezpečno, potulovaly se jím zbojnické loupeživé roty vojáků. Nejznámější byli loupežníci Petrovští, jejich příběh se převyprávěl až do pohádky "Zvířátka a Petrovští".
Omezeními zahraničního obchodu utrpěla Zlatá stezka, zvýšení cel, zákaz vývozu českého obilí, zápovědí dovozu cizí soli vymizeli z ní zahraniční obchodníci, tím utrpěla i Příbram.