Bylo vyhlášeno Obnovené zřízení zemské, pro Čechy 10. 5. 1627 a pro Moravu 1628. Soubor zákonů upevňující moc panovníka, vítěze nad stavy Ferdinanda II.. Český trůn byl jím právně prohlášen za dědičný v rodě Habsburků, pravomoc zemských sněmů byla omezena na projednávání požadavků panovníka, na sněm byl uveden stav katolické církve a městům byl ponechán pouze jediný hlas. Němčina byla v českém království povýšena na úřední jazyk k češtině, náboženství povoleno jen katolické.

Doplňujícím zákonem byl Císařský mandát nařizující nekatolickým stavům přestoupit ke katolictví nebo se do 31. ledna 1628 vystěhovat z Čech. S tisíci měšťanských a stovkami šlechtických rodin odešli do vyhnanství nejvýznačnější představitelé české a moravské inteligence jako vědec světového významu Jan Amos Komenský (část jeho díla shořela ve válečných plamenech), spisovatel Pavel Stránský, historik Pavel Skála ze Zhoře, grafik Vácslav Hollar a mnoho dalších. Emigrace v převážně německy mluvících zemích byla asimilována, v českých zemích jí nahradila soldateska kapitánů a plukovníků císařské armády.

Během 30-leté války ? pozemků v našich zemích změnily majitele. Také královský statek-panství Dobříš byl prodán, pro potřebu vyplácení armády. Ohodnocen (taxován) na 213.996 kop stříbrných 8 grošů, 5 denárů (1627), prodán 14.června 1630 císařskému radovi, nejvyššímu lovčímu pánu p. Brunovi (von Brunow) z Mannsfeldu za 40.000 zlatých rýnských.

Nový pán na Březnici a Tochovicích Přibík Jeníšek z Ujezda přivedl do Březnice tovaryše jezuitského řádu z domu profesorů na Menším Městě Pražském, kde jim zřídil kolej. Jejich působnost rozšířil po trase Zlaté stezky o největší farnost v kraji Slivici, s kostelem sv. Petra.

Roku 1631 byla vložena do Příbrami opět císařská posádka, město bylo zase vyjedeno a vypito.
Na uprázdněnou Příbramskou faru v roce 1630 byl dosazen kněz rodem Polák Krištof Aněloweč (1630-1636), který zdědil spory s příbramskými měšťany po Marku Sallerovi, proto po šesti létech abdikoval. Za jeho působení se na Svaté Hoře stal zázrak.
Roku 1632 se na Svaté Hoře usadil slepec Jan Procházka z Nymburka, jenž druhdy na pražském mostě sedával a žebral, aby tu při kapli poustevničil. Omývání obličeje vodou z Mariánské studánky a čisté prostředí vedlo ke zlepšení zraku. Doba rekatolizace chopila se příležitosti a zázrak byl přiřčený sošce Pany Marie. Pověst o zázraku, uzdravení-vyléčení, se rozšířila a Svatá Hora se stala cílem poutí chorých i zdravých, měl být mezi nimi i sám císař Ferdinand II. se synem, jeho příkladu hojně následovala i šlechta.

Na krátkou dobu se stal děkanem Jan Bartoloměj Těšín (1636-1637), jenž odešel do Veltrub. Po něm se stal jeho nástupcem Alexandr Václav Bartoloměj Blovský (1637-1639), ten rovněž podporoval kult gotické sošky Pany Marie s Ježíškem v kapli na Svaté Hoře, s procesím do kapličky a bohoslužbou, jako jeho předchůdci.
Stále trvala válka a v roce 1639 se vrátila do Příbrami, nejen berněmi. V roce 1638 se na zimní tábor usadilo švédské protestanské vojsko generalissima Jana Gustafssona Bannera v Dobříši. Zásobování armády se provádělo z místních zdrojů, jak bylo tehda zvykem, tak 21. dubna 1639 přitáhly švédské oddíly také do Příbrami, vyjedli domácnosti, města i okolních vesnic, ze svatohorské kaple si zřídili strážnici odkud kontrolovali Zlatou stezku. Vzácnou sošku Pany Marie s děťátkem odnesl Páter Petr Albrecht Koukal z kaple na děkanství, aby jí ochránil před poškozením. Nakonec si vynutili na městu 700 dukátů za odchodné.

Za nedlouho po odchodu Švédů přitáhli císařští, vyplacení výkupného považovali za kolaboraci a chtěli také dukáty, protože peníze už nebyly, tak město vyrabovali.