Příbram byla za účast ve stavovském povstání proti císaři potrestána odsouzením ke ztrátě všech statků. Kněz Marek Saller přemluvil příbramský magistrát, aby se město přihlásilo ke katolické víře. Ferdinand II. nestíhal Příbram tresty, protože se přiznala k odboji jako první z královských měst a při udílení "Generálního pardonu" jí majetek ponechal. Dalším motivem byl zajisté titul Příbramě-královské horní město, který vladař by pohrdl stříbrem a železem i olovem, zvláště ve válce je každý groš dobrý a možná jich může být i více. Trestáním horního města by trestal sám sebe, zvláště když je tak povolné. Soudní výrok ovšem neznamenal ideovou povolnost, městská práva, živnosti, cechy, vše jen pro katolíky.

Příbramský děkan Jan Brva ze Špaňova musel opustit manželku a sloužit obřady v katolickém ritu, zavést před symbolickou večeří, svátostí přijímáním chleba, svatou zpověď.
Hůře to dopadlo se sousedním Březnickým panstvím. Pán Vacslav z Lokšan a na Březnici byl rozsudkem z 12. prosince 1622 protireformačního soudu zbaven konfiskací poloviny jeho statku, bylo to Tochovické panství. Záhy na jaře roku 1623 koupil konfiskát pán Přibík Jeníšek z Újezda a Jenštejna za pouhých 23.381 kop grošů míšenských. Ovšem nezaplatil hned, byv jedním z protireformačních komisařů, i tak nízkou cenu nezaplatil snad nikdy.

V roce 1622 byl v Příbrami purkmistrem Jan Velvarský šenkýř na hospodě U Černého orla na západní straně Rynku. Na svátek Tří králů, což je 6. ledna, poslal jmenovaný purkmistr list nejvyššímu mincmistrovi Vilémovi Vřesovcovi z Vřesovic, zastupujícímu krále, ve kterém ho žádá o zproštění z primátorského úřadu, neboť v Příbrami táboří již 4 až 6 dní císařské vojsko. Rejtaři a pěchota je ubytovaná po stodolách, oficíři jsou rozmístěni po domech a stravují se u něho v hospodě, a když nejedí ani nepijí vymáhají na něm 6 až 10 zlatých. Koupil na trhu od formana sud vína a vojáci mu ho vypili bez náhrady. Při přípřežích k vojenským vozům přišel už o 10 koní. Upozorňuje, že je potřeba obnovit konšelský úřad, protože je na živu jen osm konšelů z tuctu-dvanácti. Velkou pohromou pro všechny bylo vyhlášení státního bankrotu 28. prosince 1623, hodnota měny klesla na desetinu.
Císařským patentem vyhlášeným 18. května 1624 byli vypovězeni nekatoličtí duchovní z Čech, 12.října z Moravy. Tak musel opustit děkan faru ve Starém Kníně a nahradil ho příbramský děkan Jan Brva ze Špaňova (1618-1624) a za něj nastoupil kněz Marek Saller (děkanem 1624-1630), který byl ustanoven též vikářem podbrdského kraje. Za jeho působení byla dokončena, alespoň formálně, rekatolizace města i vesnic příbramského panství a zádušních vsí příbramské fary, dosud z větší části utrakvistických.

V roce 1626 10. května přitáhla po Zlaté stezce opět císařská vojska a utábořila se v Příbrami. Dne 13. června purkmistr, konšelé i všechna obec příbramská si stěžuje listem u krajských hejtmanů na řádění soldatesky, "ležící tu pět týdnů táborem, která vše vyjídá, vytlouká domy, kamna a okna v nich, a nalezne-li cokoliv cennějšího, prodá to; v důsledku sousedé z města utíkají a ti, kdož zůstali, musí živit tucet i více vojáků i s ženami a dětmi; vojáci se nechtějí spokojit namále masa, než všechno do hrdla chtějí, při čemž Češi si vedou nejhůře."
To byla jen předehra ke katastrofě!
Ta se stala o měsíc později (datum neuveden). V suchých červencových dnech vařící si rodiny vojáků na dvorech v kotlích jídlo, nepozorností snad s podporou alkoholu, způsobily požár, zřejmě doškové střechy, nejspíš na západní straně Rynku. Vlivem větru se požár rozšířil na všechny domy na Rynku, včetně školy, kostela a domů v Dubenské (Pražské) ulici. Téměř všechny domy byly v tehdy dřevěné, srubové, kamenné zdi měl jen kostel a Rubášovský dům U Černého orla a hrad, který byl v té době pustý. Střechy měly doškové, jen několik bylo ze štípaných šindelů, stropy byly dřevěné, povalové. Těžko si lze představit jak probíhalo hašení hořících domů, vojáci asi utekli a měšťané i sloužící nosící vodu ve štoudvích z rybníka se brzy unavili a tak většina domů lehla popelem. Pravděpodobně byli i oběti požáru a zranění. Armáda ze spáleného města odtáhla, co by jedla, když sýpky s obilím shořely.

Obyvatelé si jakž takž opravili příbytky, příbramská obec opravila děkanský kostel sv. Jakuba Staršího i kapli Na nebe vzetí Pany Marie na Svaté Hoře. Za Sallerova působení nejen purkmistr a městská rada, ale i měšťanstvo přijalo katolickou víru, také horlivě podporoval mariánský kult. Ovšem časem narostly spory s měšťany o nadační platy a desátky, jež vzhledem k hospodářské situaci mohli obyvatelé jen obtížně plnit. Když se mu naskytla příležitost, změnit působiště, přestěhoval se na blatenskou faru, odešel za lepším (1630).

Císař římský a král český Ferdinand, toho jména druhý 25. srpna 1628 ve Vídni na ponížené prosby příbramských uděluje městu list, kterým obnovuje a potvrzuje všechna dříve udělená privilegia a výsady, ale jen pro měštěníny a měštěnínky římského katolického náboženství. Nařizuje, aby Židy ve městě netrpěli a bytu jim tu nepřáli. Vydání listu zdůvodňuje přechodem obyvatel města a okolních vsí na víru vyznávanou panovníkem.
Město bylo ovšem v žalostném stavu, po jeho vypálení před dvěma roky. Ještě po dvaceti létech v roce 1648 bylo 97 domů pustých ze 168.